Yüzüncü Yıl Üniversitesi, 20 Temmuz 1982 tarih ve 41 sayılı Kanun Hükmünde Kararname ile kurulmuştur. Ancak Türkiye'nin doğu bölgesinde bir üniversite kurulması girişimleri çok önceleri başlamıştır.
Dönemin Cumhurbaşkanı Atatürk, 1927 yılında Milli Eğitim Bakanı Mustafa Necati Bey'i, incelemeler yapmak üzere Van'a göndermiş; Mustafa Necati Bey'de, Van'da üniversite kurulmasını gerekli görmüştür. 1928 yılında, öğretmen Ferit Nur (Kuran) Bey Van'a gönderilmiş ve mevcut ortaokulu liseye dönüştürerek, kurulması tasarlanan üniversitenin çekirdegini oluşturması istenmiştir. Atatürk 1 Kasım 1937'de, BMM açış nutkunda, 'Dogu bölgesi için Van Gölü Sahillerinin en güzel bir yerinde ilkokulu ve nihayet üniversitesi ile modern bir kültür şehri oluşturmak yolunda şimdiden faaliyete geçilmelidir.' demiş, bu maksatla, o dönemin Milli Egitim Bakanı Saffet Arıkan'ı, arazi tespiti için Van'a göndermiştir.
1938 yılı Kasım başında BMM açış nutkunda, Atatürk 'İstanbul Üniversitesi'nin geliştirilmesi, Ankara Üniversitesi'nin tamamlanması ve Şark Üniversitesi'nin yapılan etütlerle tespit edilmiş olan esaslar dairesinde, Van Gölü civarında kurulması hızla ve önemle devam etmektedir' demiştir. 11 Haziran 1951 tarihinde, Milli Eğitim Bakanlığınca, aralarında Prof. Dr. Afet İnan'ın bulundugu, 15 kişilik bir heyet oluşturulmuş ve Doğu Üniversitesi'nin yerinin tespiti için esaslı incelemelere girilmiştir. Bu heyet, merkezi Van olacak bir Doğu Üniversitesi'nin kurulmasını; Elazıg, Erzurum ve Diyarbakır'da bazı fakülte ve enstitülerin, Doğu Üniversitesi'ne yardımcı şubeler olarak açılmasını uygun görmüştür. Bu sıralarda Ankara ve İstanbul'daki üniversitelerin sayısı arttırılmış; İzmir, Erzurum, Trabzon, Elazığ, Diyarbakır, Sivas, Samsun, Malatya, Kayseri, Eskişehir, Bursa ve Edirne'de yeni üniversiteler veya bunların çekirdeğini oluşturacak fakülte, yüksekokul ve akademiler açılmıştır. Ancak bu dönemlerde Van bu mutlu iller arasına girememiştir.
6 Kasım 1981 tarihinde üniversitelerimize yeni bir düzen getiren 2447 sayılı Yüksekögretim Kanununun çıkarılmasından yaklaşık 8,5 ay sonra 20 Temmuz 1982 tarihinde, 41 sayılı Yükseköğretim Kurumlari Teşkilatı hakkında kanun hükmünde kararname çıkarıldı. Bu kararname ile yeni üniversiteler açıldı. Bunların arasında Yüzüncü Yıl Üniversitesi de vardı. Van'da bir üniversite kurulmasını teminen çeşitli yerel girişimlerde olmuştur. 1968 yılında 'Van Üniversite ve Yüksekokullari Kurma ve Yaşatma Derneği' kurulmuştur. Bu dernek Tayyar Dabbağoğlu, Dr. Özçelik Okayer ve Dr. Ertugrul Yeginaltay'in başkanlığında faaliyetini sürdüre gelmiştir. Dernek, Erzurum Atatürk Üniversitesi'ne bağlı bir fakültenin Van'da açılmasına ve daha sonra ayrı bir üniversite halinde dönüştürülmesine çaba harcamıştır. Bu amaçla, 1981 yılında oluşturulan bir heyet Ankara'ya gitmiş, Devlet Başkanı Sayın Kenan Evren tarafından kabul edilen dernek üyelerine, Van'da bir üniversite kurulacağı müjdesi verilmiştir.
Üniversitemiz, kuruluş ve gelişmesinde maddi ve manevi katkılarda bulunmak, gelip ders vermek vb. şekillerde emeği geçen herkese minnet ve şükran borçludur. Üniversitemiz halen 14 Fakülte, 4 Enstitü, 11 Yüksekokul ve 19 Uygulama ve Araştırma Merkezi ile eğitim-öğretim faaliyetlerini, Van Gölü kenarında kurulmuş, şehir merkezine 15 km mesafede olan kampüste devam ettirmektedir.