Trakya Üniversitesi 41 Sayılı Kanun Hükmünde Kararname ile 20 Temmuz 1982 tarihinde kurulmuştur. Trakya Üniversitesi kuruluşta; Rektörlüğe bağlı olarak yeni kurulan Fen-Edebiyat Fakültesi ve Tekirdağ Ziraat Fakültesi’nden, İstanbul Üniversitesi Edirne Tıp Fakültesi’nin bağlantısının değiştirilmesiyle oluşturulan ve Rektörlüğe bağlanan Tıp Fakültesi’nden, Edirne Devlet Mühendislik ve Mimarlık Akademisi’nin Fakülte’ye dönüştürülmesiyle oluşturulan ve Rektörlüğe bağlanan Mühendislik-Mimarlık Fakültesi’nden, Rektörlüğe bağlı olarak yeni kurulan Sosyal Bilimler Enstitüsü, Fen Bilimleri Enstitüsü, Sağlık Bilimleri Enstitüsü’nden, Milli Eğitim Bakanlığı Edirne Eğitim Enstitüsü’nün adının değiştirilmesiyle oluşturulan ve Rektörlüğe bağlanan Eğitim Yüksekokulu, Çanakkale Eğitim Enstitüsü’nün adının değiştirilmesiyle oluşturulan ve Rektörlüğe bağlanan Çanakkale Eğitim Yüksekokulu, Rektörlüğe bağlanan Edirne Meslek Yüksekokulu, Çanakkale Meslek Yüksekokulu, Kırklareli Meslek Yüksekokulu ile Tekirdağ Ziraat Fakültesi’ne bağlanan Tekirdağ Meslek Yüksekokulu’ndan oluşmuştur.
Trakya Üniversitesi’nde 1988-1989 eğitim-öğretim yılında Sağlık Hizmetleri Meslek Yüksekokulu, Çorlu Meslek Yüksekokulu ve Keşan Meslek Yüksekokulu, 1990-1991 eğitim-öğretim yılında Biga Meslek Yüksekokulu, 1991-1992 eğitim-öğretim yılında da Devlet Konservatuvarı açılmıştır.
Trakya Üniversitesi bünyesinde; 3837 Sayılı Kanun ile 11 Temmuz 1992 tarihinde, Çorlu Mühendislik Fakültesi, İktisadi ve İdari Bilimler Fakültesi ve Eğitim Yüksekokulu’nun fakülteye dönüştürülmesiyle oluşturulan Eğitim Fakültesi kurulmuştur. Aynı Kanun ile Trakya Üniversitesi bünyesindeki Çanakkale Eğitim Yüksekokulu’nun fakülteye dönüştürülmesiyle oluşturulan Çanakkale Eğitim Fakültesi, Çanakkale Meslek Yüksekokulu ve Biga Meslek Yüksekokulu, yeni kurulan “Çanakkale Onsekiz Mart Üniversitesi”ne aktarılmıştır.
1992-1993 eğitim-öğretim yılında Yükseköğretim Kurulu ve Sağlık Bakanlığı arasında yapılan protokolle Edirne Sağlık Hizmetleri Meslek Yüksekokulu, 1993-1994 eğitim-öğretim yılında Kırklareli Sağlık Hizmetleri Meslek Yüksekokulu ve Tekirdağ Sağlık Hizmetleri Meslek Yüksekokulu, 1993-1994 eğitim-öğretim yılında Hayrabolu Meslek Yüksekokulu, Malkara Meslek Yüksekokulu, Lüleburgaz Kepirtepe Meslek Yüksekokulu (kuruluşunda; “Lüleburgaz Meslek Yüksekokulu” olan okul adı, Yükseköğretim Genel Kurulu’nun 17/04/1998 tarihli toplantısında “Lüleburgaz Ticaret ve Sanayi Odası Meslek Yüksekokulu” olarak değiştirilmiş, daha sonra bu adı değiştirilerek kuruluşundaki adı almış ve bu defa Yükseköğretim Genel Kurulu’nun 18/08/2006 tarihli toplantısında okul adı “Lüleburgaz Kepirtepe Meslek Yüksekokulu” olarak değiştirilmiştir.) ve Şarköy Meslek Yüksekokulu, 1994-1995 eğitim-öğretim yılında Uzunköprü Meslek Yüksekokulu, Babaeski Meslek Yüksekokulu, Çerkezköy Meslek Yüksekokulu ve Marmara Ereğlisi Meslek Yüksekokulu, 1995-1996 eğitim-öğretim yılında Havsa Meslek Yüksekokulu, Muratlı Meslek Yüksekokulu ve Saray Meslek Yüksekokulu eğitim-öğretime başlamıştır.
14.11.1995 tarihli ve 95/7515 sayılı Bakanlar Kurulu Kararı ile kurulan Kırkpınar Beden Eğitimi ve Spor Yüksekokulu 1996-1997’de eğitim-öğretime başlamıştır. (kuruluşunda; “Beden Eğitimi ve Spor Yüksekokulu” olan okul adı, 11-11-2005 tarihli ve 25990 sayılı Resmi Gazete’de yayımlanan, 2005/9552 sayılı Bakanlar Kurulu Kararı ile “Kırkpınar Beden Eğitimi ve Spor Yüksekokulu” olarak değiştirilmiştir.)
10.10.1996 tarihli ve 96/8655 sayılı Bakanlar Kurulu Kararı ile kurulan Edirne Sağlık Yüksekokulu, Tekirdağ Sağlık Yüksekokulu ve Kırklareli Sağlık Yüksekokulu 1997-1998’de eğitim-öğretime başlamıştır. Bu tarihten sonra ise iki yıllık önlisans eğitimi veren Edirne Sağlık Hizmetleri Meslek Yüksekokulu, Tekirdağ Sağlık Hizmetleri Meslek Yüksekokulu ve Kırklareli Sağlık Hizmetleri Meslek Yüksekokulu’na öğrenci alınmamaktadır. Ayrıca; Edirne Sağlık Yüksekokulu Resmi Gazete’nin 1/7/2010 tarihli ve 27628 sayılı nüshasında yayımlanan 7/6/2010 tarihli ve 2010/558 sayılı BKK ile kapatılmıştır.
1996 yılında kurulan Vize Meslek Yüksekokulu 1998-1999’da eğitim-öğretime başlamıştır.
1998 yılında 98/11641 sayılı Bakanlar Kurulu Kararı ile kurulan Teknik Eğitim Fakültesi 2000-2001 eğitim-öğretim yılında Kırklareli ilinde eğitim-öğretime başlamıştır.
2003 yılında kurulan Pınarhisar Meslek Yüksekokulu ve İpsala Meslek Yüksekokulu 2003-2004’ de eğitim-öğretime başlamıştır.
30-09-2005 tarihli ve 2005/9489 sayılı Bakanlar Kurulu Kararı ile kurulan Güzel Sanatlar Fakültesi 2008-2009 de eğitim-öğretime başlamıştır.
30-09-2005 tarihli ve 2005/9489 sayılı Bakanlar Kurulu Kararı ile kurulan Yabancı Diller Yüksekokulu 2006-2007 de eğitim-öğretime başlamıştır.
30-09-2005 tarihli ve 2005/9490 sayılı Bakanlar Kurulu Kararı ile kurulan Uygulamalı Bilimler Yüksekokulu 2006-2007 de eğitim-öğretime başlamıştır.
17-03-2006 tarihli ve 26111 sayılı Resmi Gazete’de yayımlanan 5467 sayılı kanun ile 2809 sayılı “Yükseköğretim Kurumları Teşkilatı Kanunu”na eklenen EK MADDE 62 gereği Trakya Üniversitesi Rektörlüğüne bağlı iken bağlantısı değiştirilen; Tekirdağ Ziraat Fakültesi, Çorlu Mühendislik Fakültesi, Tekirdağ Sağlık Yüksekokulu, Tekirdağ Meslek Yüksekokulu, Çorlu Meslek Yüksekokulu, Çerkezköy Meslek Yüksekokulu, Hayrabolu Meslek Yüksekokulu, Malkara Meslek Yüksekokulu, Marmara Ereğlisi Meslek Yüksekokulu, Muratlı Meslek Yüksekokulu, Saray Meslek Yüksekokulu ve Şarköy Meslek Yüksekokulu yeni kurulan “Namık Kemal Üniversitesi”ne aktarılmıştır.
Yükseköğretim Genel Kurulu’nun 13/04/2006 tarihli toplantısında; “Edirne Meslek Yüksekokulu” ve “Kırklareli Meslek Yüksekokulu” kapatılarak, “Edirne Teknik Bilimler Meslek Yüksekokulu”, “Edirne Sosyal Bilimler Meslek Yüksekokulu”, “Kırklareli Teknik Bilimler Meslek Yüksekokulu”, “Kırklareli Sosyal Bilimler Meslek Yüksekokulu” kurulmuş ve 26/09/2006 tarihinden itibaren Müdür kadrolarına görevlendirmeler yapılarak faaliyete geçmişlerdir.
Yükseköğretim Genel Kurulu’nun 26/05/2006 tarihli toplantısında Edirne ilinde Arda Meslek Yüksekokulu kurulmuştur. Faaliyete, 2007-2008 eğitim-öğretim yılı ek yerleştirme döneminde başlamıştır.
29-05-2007 tarihli ve 26536 sayılı Resmi Gazete’de yayımlanan 5662 sayılı kanun ile 2809 sayılı “Yükseköğretim Kurumları Teşkilatı Kanunu”na eklenen EK MADDE 83 gereği Trakya Üniversitesi Rektörlüğüne bağlı iken bağlantısı değiştirilen; Teknik Eğitim Fakültesi, Kırklareli Sağlık Yüksekokulu, Kırklareli Sosyal Bilimler Meslek Yüksekokulu, Kırklareli Teknik Bilimler Meslek Yüksekokulu, Babaeski Meslek Yüksekokulu, Lüleburgaz Kepirtepe Meslek Yüksekokulu, Pınarhisar Meslek Yüksekokulu, Vize Meslek Yüksekokulu, Kırklareli Sağlık Hizmetleri Meslek Yüksekokulu yeni kurulan “Kırklareli Üniversitesi”ne aktarılmıştır.
Yükseköğretim Genel Kurulu’nun 22/06/2007 tarihli toplantısında Edirne İlinde Tunca Meslek Yüksekokulu kurulmuştur. Faaliyete 2008-2009 eğitim-öğretim yılında Uzaktan Eğitim olarak başlamıştır.
04/09/2008 tarihli ve 26987 sayılı Resmi Gazete’de yayımlanan 30/7/2008 tarihli ve 2008/14019 sayılı Bakanlar Kurulu Kararı ile Edirne İlinde Sağlık Bilimleri Fakültesi kurulmuştur. Faaliyete 2009-2010 eğitim-öğretim yılında başlamıştır.
28/02/2009 tarihli ve 27155 sayılı Resmi Gazete’de yayımlanan 02-02-2009 tarihli ve 2009/14652 sayılı Bakanlar Kurulu Kararı ile Edirne İli Keşan İlçesinde “Keşan Yusuf Çapraz Uygulamalı Bilimler Yüksekokulu” kurulmuştur. Faaliyete 2009-2010 eğitim-öğretim yılında başlamıştır.
26/02/2010 tarihli ve 27505 sayılı Resmi Gazete’de yayımlanan 01/02/2010 tarihli ve 2010/130 sayılı Bakanlar Kurulu Kararı ile “Balkan Araştırma Enstitüsü” kurulmuştur.
04/03/2010 tarihli ve 27511 sayılı Resmi Gazete’de yayımlanan 05/02/2010 tarihli ve 2010/127 sayılı Bakanlar Kurulu Kararı ile Üniversitemiz bünyesinde bulunan “Fen-Edebiyat Fakültesi” kapatılmış ve Rektörlüğe bağlı olarak “Fen Fakültesi” ile “Edebiyat Fakültesi” kurulmuştur.
24/10/2011 tarihli ve 28094 sayılı Resmi Gazete’de yayımlanan 26/08/2011 tarihli ve 2011/2239 sayılı Bakanlar Kurulu Kararı ile “Diş Hekimliği Fakültesi” ile “Eczacılık Fakültesi” kurulmuştur.
Bir “Bölge Üniversitesi” olan Trakya Üniversitesi, “Çanakkale Onsekiz Mart Üniversitesi”, “Namık Kemal Üniversitesi” ve “Kırklareli Üniversitesi” ne bağlanan birimler ayrıldıktan sonra; “Trakya Üniversitesi” 2011-2012 eğitim-öğretim yılında 1 il, 4 ilçe de, 10 fakülte, 4 enstitü, 4 yüksekokul, 1 konservatuvar, 9 meslek yüksekokulu, 20 araştırma ve uygulama merkezi ve 1 anaokulu’ndan oluşan “İl Üniversitesi” olma özelliğini kazanmıştır.
Ergene Havzası Çevre Düzeni Planı bölgesel düzeyde bir bakanlık ile üniversite arasında bugüne kadar imzalanmış en önemli projedir. Trakya Üniversitesi aynı zamanda Balkan Ülkeleri ile yoğun ilişkiler içinde olan bir üniversitedir. Balkan Çevre Birliği (B.EN.A) örgütünün ulusal ofisinin Edirne-Karaağaç Rektörlük Yerleşkesi'nde bulunması ve üniversite'nin Balkanlarda on ayrı üniversite ile eşgüdüm anlaşmaları yapmış olması bu çabanın örnekleridir.
Trakya Üniversitesi, Rektörlük Binasını 1998 Haziran ayından itibaren Edirne Karaağaç'ta bulunan tarihi büyük istasyon binasına taşıyarak faaliyetlerini burada yürütmeye başlamıştır. İstanbul'u Avrupa'ya bağlayan demiryolu üzerindeki istasyonlardan biri olan Edirne Garı'nın kesin tasarım yılı saptanmamışsa da yapının 1914'de savaş nedeniyle yarım kaldığı, ancak Cumhuriyetten sonra 1930'da açıldığı bilinmektedir. Bina 1998 yılında Trakya Üniversitesi tarafından gerçeğine uygun olarak restore edildi ve yaşama kavuşturuldu.
Üniversitemiz 4. ve 5. Dönem Rektörü Prof.Dr. Osman İNCİ'nin Üniversite Rektörlüğünün Karaağaç Yerleşkesine Taşınması ve ulusal bütünlüğümüzü sağlayan Lozan Antlaşmasını temsil etmek üzere bir Lozan Anıtı, Meydanı ve Müzesi yapılması önerisi Üniversite Senatosunun 27.11.1996 tarihli 7 nolu toplantısında görüşülerek kabul edilmiş ve anıtın 30 Ekim 1918 tarihinde imzalanan Mondros Mütarekesine göre Meriç Nehri ile çizilen Trakya hududunun dışında Yunanistan topraklarında bırakılan ve Lozan Antlaşmasında çok ciddi ve önemli tartışmalar sonucunda Türk tarafına bırakılan Karaağaç'ta yapılmasına oy birliği ile karar alınmıştır. Türkiye'deki sayılı büyüklükteki Anıtlardan biri olan Üniversitemiz Karaağaç Yerleşkesi içinde bulunan ve Lozan Meydanında yer alan Lozan Anıtı 19 Temmuz 1998 tarihinde 9. Cumhurbaşkanı Sayın Süleyman Demirel tarafından açılmıştır. Edirne Türkiye'nin Avrupa yakasında kurulmuş İstanbul'dan sonra en büyük kentidir. Avrupa'yı Asya'ya bağlayan anayollarından biri üzerinde bulunan kent bu yönüyle de önem kazanmıştır.
Meriç, Arda ve Tunca Irmakları Edirne'yi çepeçevre kuşatarak ona gizemli bir güzellik kazandırır. Edirne İstanbul ile birlikte Osmanlı İmparatorluğu'nun mimaride eriştiği en yüksek yaratıcı noktayı gösteren bir şehirdir. Türkiye'nin Avrupa'ya açılan kapısı konumundaki Edirne, altı sınır kapısıyla Avrupa'ya bağlanır.
Sunduğu eğitim-öğretim kalitesi açısından kendisini aşmayı başaran, bölge ve ülke sorunlarına yönelik çeşitli misyonlar üstlenerek bilimsel etkinliklerde bulunan ve bu arada uluslararası, özellikle Balkan ülkeleri ile ilişkilerini geliştiren Trakya Üniversitesi, eksiklerini tamamlama ve diğer alanlarda büyüme yolunda ciddi adımlar atmaktadır.
Trakya Üniversitesi kurucu ve II. Dönem Rektörü Prof.Dr. Ahmet KARADENİZ'dir. 6 Ağustos 1992'de III. Dönem Rektörlüğüne Prof.Dr. Poyraz ÜLGER, 6 Ağustos 1996'da IV. Dönem ve 6 Ağustos 2000'de V. Dönem Rektörlüğüne Prof.Dr. Osman İNCİ atanmıştır. VI. Dönem Rektörlüğüne 6 Ağustos 2004 tarihinde Prof.Dr. Enver DURAN atanmıştır. Prof.Dr. Yener YÖRÜK VIII. Dönem Rektörü olarak 6 Ağustos 2012 tarihinde göreve başlamıştır.