Mustafa Kemal Üniversitesi 1992 tarihinde kurulmuştur.
Üniversitemizin kuruluşunda Fen-Edebiyat Fakültesi, Mühendislik Mimarlık Fakültesi, Ziraat Fakültesi, Veteriner Fakültesi, Su Ürünleri Fakültesi, İktisadi ve İdari Bilimler Fakültesi ve Eğitim Fakültesi olmak üzere 7 fakülte; Turizm İşletmeciliği ve Otelcilik Yüksekokulu, Beden Eğitimi ve Spor Yüksekokulu olmak üzere 2 Yüksekokul; Antakya Meslek Yüksekokulu ve İskenderun Meslek Yüksekokulu olmak üzere 2 Meslek Yüksekokulu ile Sosyal Bilimler Enstitüsü, Fen Bilimleri Enstitüsü ve Sağlık Bilimleri Enstitüsü olmak üzere 3 enstitüden oluşan 14 birim yer almıştır.
Dörtyol Sağlık Hizmetleri Meslek Yüksekokulu, İskenderun Sağlık Hizmetleri Meslek Yüksekokulu ve Dörtyol Meslek Yüksekokulu ise Çukurova Üniversitesinden üniversitemize devredilmiştir.
1994 yılında Kırıkhan, Yayladağı, Reyhanlı ve Samandağ Meslek Yüksekokulları; İskenderun Sivil Havacılık Yüksekokulu, 1995 yılında Tıp ve Güzel Sanatlar Fakülteleri; 1996 yılında Hatay Sağlık Yüksekokulu, 2008 yılında Mimarlık Fakültesi ile Altınözü, Hassa, Harbiye ve Hatay Sağlık Hizmetleri Meslek Yüksekokulları; 2009 yılında Fizik Tedavi ve Rehabilitasyon Yüksekokulu; 2010 yılında Diş Hekimliği Fakültesi ile İletişim Fakültesi; 2011 yılında Bilişim Teknolojisi Yüksekokulu ve 2013 yılında İlahiyat Fakültesi kurulmuştur.
İlahiyat Fakültesi, İletişim Fakültesi, Antakya Devlet Konservatuarı, Bilişim Teknolojileri Yüksekokulu, Yabancı Diller Yüksekokulu, Dörtyol Sağlık Hizmetleri Meslek yüksekokulu, İskenderun Sağlık Hizmetleri Meslek Yüksekokulu kurulmuş ancak eğitim - öğretim faaliyetine henüz başlanmamıştır.
Üniversitemiz bünyesinde bulunan Mühendislik Fakültesi, Deniz Bilimleri ve Teknolojileri Fakültesi, Teknoloji Fakültesi, Barbaros Hayrettin Denizcilik Fakültesi, Mustafa Yazıcı Devlet Konservatuarı, Turizm İşletmeciliği ve Otelcilik Yüksekokulu, Sivil Havacılık Yüksekokulu, İskenderun Meslek Yüksekokulu, Dörtyol Meslek Yüksekokulu, Erzin Meslek Yüksekokulu, Denizcilik Meslek Yüksekokulu 23 Nisan 2015 tarihinde yeni kurulan İskenderun Teknik Üniversitesi’ne devredilmiştir.
MKÜ bünyesinde halen, 3 Enstitü, 11 Fakülte, 4 Yüksekokul, 11 Meslek Yüksekokulu,1 Araştırma Uygulama Hastanesi ile 18 Araştırma ve Uygulama Merkezinin yer aldığı 48 farklı birim bulunmaktadır.
Üniversitemiz 24.181 öğrencisi, 1059 Akademik, 796 İdari personeli ile ülkemizin sosyo- kültürel yapısına katkı sağlayan, bilimde öncü, sanata değer veren, araştırmalarıyla ilime, bilime ışık tutan, yüksek kalitede öğrenim sağlayan bir üniversite olarak faaliyetlerine devam etmektedir.